Cambridgeská strukturní databáze
organických a organometalických struktur (CSD)
je dostupná pro nekomerční uživatele v ČR již od roku 1973. Nyní (v roce 2020) obsahuje více než milion
experimentálně stanovených struktur pečlivě verifikovaných Cambridgeským Krystalografickým Datovým Centrem (CCDC). Většina těchto struktur byla stanovena pomocí rtg difrakce
(>95 %), zbytek pomocí neutronové a elektronové difrakce a pomocí NMR. CSD nabízí kromě vyhledávacího modulu QUEST a zobrazovcího modulu MERCURY řadu dalších licencovaných a nelicencovaných programů obsahujících sofistikované algoritmy pro hromadné zpracování, statistickou analýzu, porovnávání a zobrazování struktur. Program
GOLD pro molekulární modelování,
program DASH pro rafinaci struktur
z práškových dat, program IsoStar pro 3D zobrazování mezimolekulárních interakcí, atd. Stručný přehled
je dostupný například v /1/
a /2/.
Přístup k
CSD zajišťuje pro sdružení institucí v ČR “Regional affiliated center of CCDC”. Pokud neznáte jméno správce licence ve Vaší instituci
zjistíte to dotazem na adrese hasekjh@seznam.cz. Současná CSD multi-licence dostupná v ČR (ENTERPRISE) vám
zajišťuje v rámci vašeho “campusu” přístup ke strukturní databázi
a ke všem programům uvedeným na adrese https://www.ccdc.cam.ac.uk/solutions/csd-enterprise/
Vždy respektujte to, že v této licenci platí
zákaz použití CSD pro práce pro komerční subjekty. Komerční subjekty musí požádat
o licenci samostatně přímo od CCDC. Preferovaná citace CSD je:
The Cambridge
Structural Database, C. R. Groom, I. J. Bruno, M. P. Lightfoot and S. C. Ward,
Acta Cryst. B72, 171-179 (2016). DOI: 10.1107/S2052520616003954
Použití většiny programů je do značné míry intuitivní
a pokud vložíte jméno programu do prohlížeče získáte obvykle četné informace,
příklady použití a videa. Pokud je třeba, oficiální detailní informace lze nalézt v manuálech
pro použití CSD na adrese https://www.ccdc.cam.ac.uk/support-and-resources/ccdcresources/
Náročnější
uživatelé si mohou stáhnout a nainstalovat aktuální verzi PYTHONu umožňujícího
programování složitějších funkcí programů v systému CSD.
Pro běžného uživatele to však není třeba.
Ne všechny programy licencované v balíku ENTERPRICE
se nainstalují automaticky.
Pokud se zabýváte modelováním možných ligandů do molekul proteinů (například navrh inhibitoru enzymů nebo drug design), stáhněte a nainstalujte si též program CROSSMINER spolupracující s generátorem konformerů a databázemi organických molekul a proteinových struktur (6 GB). Pochopení funkce programu usnadní přednášky, které jsou dostupné
na https://www.ccdc.cam.ac.uk/solutions/csd-discovery/components/CSD-CrossMiner/
Inspirativní články založené na využití CSD lze nalézt v publikacích
v seznamu na: http://www.ccdc.cam.ac.uk/ResearchAndConsultancy/CCDCResearch/CCDCPublications/Pages/CCDCPublications.aspx
Pro učitele mohou být zajímavé stránky
https://www.ccdc.cam.ac.uk/Community/educationalresources/
Webináře v roce
2020 lze nalézt na https://info.ccdc.cam.ac.uk/whatsupwebinaraccess?
Informace
o budoucích akcích, přednáškách,webinářích CCDC můžete získat pokud
se zaregistrujete na https://www.ccdc.cam.ac.uk/News/.
Nové informace o CSD najdete například na adresách ........
https://email.seznam.cz/#search/prefix%3Acsd/193876
https://email.seznam.cz/#inbox/194314
Získání podrobných informací a diskuse s vývojáři CCDC budou možné v Praze
na Světovém kongresu IUCr v Kongresovém Centru Praha v termínu 14-22.8.2021 https:/iucr2021.org/